Mikao Usui viene descritto come un monaco giapponese cristiano che insegnava in una scuola di Kyoto.
Un giorno, durante una lezione, degli allievi gli chiesero come mai non si trovassero riferimenti ai metodi di guarigione con i quali Gesù Cristo aveva compiuto i suoi miracoli e se lui fosse in grado di spiegarli e dimostrali.
Non riuscendo a dare una risposta e turbato dalle domande postegli dai suoi allievi, che mettevano a dura prova il suo modo di vivere la fede, decise di abbandonare la scuola e iniziare un cammino di ricerca.
Si recò dapprima in America, dove studiò più da vicino i testi sacri cristiani all'università di Chicago conseguendo il dottorato in teologia.
Nonostante gli studi, le sacre scritture cristiane non gli diedero la risposta a ciò che stava cercando e decise di trovarla altrove.
Si recò quindi in India, dove iniziò lo studio dei testi sacri scritti in sanscrito.
Ma nemmeno lì fu in grado di dare una risposta sull'arte della guarigione.
Decise allora di tornare in Giappone, dove scoprì in alcuni testi buddisti, scritti oltre 2500 anni prima (i Sutra), alcune formule e alcuni simboli di guarigione.
Usui ne parlò al suo superiore e da lì a poco si mise in cammino per raggiungere la sacra montagna Kuriyama, dove avrebbe trascorso un periodo di purificazione e d'isolamento per poter stabilire un contatto con il livello dei simboli ed esaminare così il loro contenuto di veridicità. Dopo ventuno giorni di digiuno e meditazione, stremato e deluso dai risultati ottenuti, vide all'orizzonte un punto di luce che si stava avvicinando rapidamente verso di lui. Essa cominciò a crescere, e crebbe, fino a colpirlo al centro della fronte. Pensò di morire, poi vide tante piccole sfere di luce di tutti i colori dell'arcobaleno, che riflettevano particolarmente il blu, la lavanda e il rosa. Infine gli apparve una grande luce bianca e vide davanti a sé i simboli e le lettere sanscrite dei testi buddisti, allora disse: «Si, mi ricordo!».
Quel momento segnò la nascita del Reiki.

Quando ritornò in sé si sentì pieno di forza, nonostante il lungo digiuno, e iniziò la discesa dalla montagna.
Durante il tragitto inciampò ferendosi l'alluce di un piede che cominciò a sanguinare; istintivamente vi pose sopra le mani e subito l'emorragia cessò e il dolore scomparve.
Questa è considerata la prima guarigione con il Reiki.
Mentre faceva ritorno al monastero, Usui si fermò in una locanda dove mangiò abbondantemente senza accusare il minimo disturbo e dove ebbe l'occasione di guarire la nipotina dell'oste da un forte dolore ai denti.
Giunto al monastero alleviò i dolori dell'abate, costretto da giorni a stare a letto vittima di un forte attacco di artrite.
Da lì capì che il suo posto non era più nella quiete del monastero, ma nei ghetti di Kyoto tra i mendicanti pronto ad aiutare e a migliorare la loro vita.
Usui rimase nei ghetti di Kyoto per sette anni, durante i quali si rese conto che le stesse persone che aveva aiutato, prima o poi, ritornavano a mendicare. Quando chiese loro una spiegazione di ciò, essi risposero che preferivano chiedere l'elemosina piuttosto che lavorare.
Usui capì che non basta guarire le malattie, perché gli uomini hanno bisogno di essere aiutati ad instaurare un rapporto con loro stessi, per favorire un aumento del loro livello di coscienza.

Per questo Usui fissò alcune semplici regole di vita:

Regole che non vogliono assolutamente costituire un sistema di dogmi o di morali, ma dei punti di riflessione e di meditazione per migliorare il rapporto con la vita, con se stessi e con gli altri.
Dopo aver abbandonato i ghetti trascorse gli ultimi anni della sua vita a percorrere le strade della città con una torcia in mano e a chi gli chiedeva cosa stesse facendo, rispondeva di star cercano persone alla ricerca della Luce e disposte ad affrontare un processo di guarigione a tutti i livelli. Di lì a poco ebbe fine la sua esistenza terrena.

L'insegnamento di Usui venne ereditato dal dottor Chujiro Hayashi, un ufficiale della marina in congedo, che diventò il secondo Gran Maestro. Hayashi diresse fino al 1940 una clinica privata a Tokyo dove si curava esclusivamente con il Reiki.
Qui ebbe modo di constatare che il Reiki era efficace non solo sul piano fisico, ma anche su quello mentale e spirituale, ristabilendo il livello energetico e risalendo alla causa originaria della malattia.

Fu in tale clinica che Hawayo Takata, la terza Gran Maestra, conobbe il dottor Hayashi.
La Takata, nata nelle Hawaii da genitori giapponesi, in un momento particolarmente difficile della sua vita decise di recarsi in Giappone per farsi operare da una grave malattia, si pensa un tumore. Quando arrivò il giorno dell'operazione, quella vocina interiore che l'aveva spinta a recarsi in Giappone le disse che non era quella la strada. Cercò allora una via alternativa e fu informata dell'esistenza della clinica di Hayashi. Lì fu trattata quotidianamente col Reiki e da più operatori che si davano il cambio. La malattia scomparve dopo alcuni mesi. Rimase così entusiasta del metodo di guarigione che decise di apprenderne la tecnica e poco prima che Chujiro Hayashi morisse (10 Maggio 1940), ricevette l'iniziazione a maestro.
È stata lei, dopo molti anni di guarigioni col Reiki, a formare nuovi maestri, perché nulla andasse perduto.
Lasciò gli insegnamenti a ventidue maestri la maggior parte americani.

Da qui si è originato il Reiki che è stato trasmesso in occidente e che si è esteso in tutto il mondo.